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Cluster

Clusterの解説

参考資料

LinuxClusterのインストール

 Globus Tool Kit

ブログにアップされておりましたが,消されてしまったようなので,引用させて頂きます。

   「GT4インストール
   ・・・・
   下調べと平行してvine linuxにGT4(Globus Toolkit 4)をインストールしています。
   
   私的メモを兼ねた手順を以下に。
   
   ---
   
   1. GT4に必要なソフトウェアが一部インストールされていないので追加する。
     1) J2SE 1.4.2
     2) Ant
     3) zlib 1.2.3
     4) JDBC complaint database
   
   2. GT4のインストール用ディレクトリ/usr/local/globusをrootで作成する。
   
   3. globusユーザを作成する。
   
   4. globusユーザでGT4をビルドする
     # export GLOBUS_LOCATION=/usr/local/globus
     # ./configure --prefix=$GLOBUS_LOCATION
     # make 2>&1 | tee build.log
     # make install
   
   5./etc/bashrcに次のパスを追加する。
     export PATH=$PATH:/usr/local/globus/bin/:/usr/local/globus/sbin/
   
   ---
   
   GT4 のインストールはmakeがやたらと長いだけで、J2SEの方がやる事は面倒でした。
   以下手順。
   
   1. postgresユーザーを作成する。
   
   2. ソース展開用とインストール用のディレクトリをrootで作成する。
     # mkdir /usr/local/src/postgresql-8.2.4
     # mkdir /usr/local/pgsql
     # chown postgres:postgres /usr/local/src/postgresql-8.2.4
     # chown postgres:postgres /usr/local/pgsql
   
   3. postgresユーザでtarを解凍してビルドする。
     # ./configure --without-readline
     # make all
     # make install
   
   4. postgresユーザの.bashrcに次のパスと環境変数を追加する。
     PATH="$PATH":/usr/local/pgsql/bin
     export POSTGRES_HOME=/usr/local/pgsql
     export PGLIB=$POSTGRES_HOME/lib
     export PGDATA=$POSTGRES_HOME/data
     export MANPATH="$MANPATH":$POSTGRES_HOME/man
     export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH":$PGLIB
   
   5. データベースを初期化する。
     # initdb --encoding=EUC-JP --nolocale
   
   6. JDBCドライバを/usr/local/pgsql/share/javaに置き、CLASSPATHに追加する。
   
   ---」

参考資料

 Rocks

参考資料

 Sun Grid Engine

 その他

 AmazonEC2上でのMPIクラスタ構築資料

 メモ

  • MPICH 並列プログラム
  • Job Management System(JMS) クラスタシステムにおけるジョブ管理
  • Beowulf Watchでは,足りないので,ジョブ管理システムを利用する。
  • Condor,PBS(Torque)

LinuxCluster上でのR

Torqueの活用

参考資料

参考資料