- 追加された行はこのように表示されます。
- 削除された行は
このように表示されます。
!!!Clusterの解説
!参考資料
*http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/smpp/cluster2000/index.html
!!!LinuxClusterのインストール
!!Globus Tool Kit
ブログにアップされておりましたが，消されてしまったようなので，引用させて頂きます。
「GT4インストール
・・・・
下調べと平行してvine linuxにGT4(Globus Toolkit 4)をインストールしています。
私的メモを兼ねた手順を以下に。
---
1. GT4に必要なソフトウェアが一部インストールされていないので追加する。
1) J2SE 1.4.2
2) Ant
3) zlib 1.2.3
4) JDBC complaint database
2. GT4のインストール用ディレクトリ/usr/local/globusをrootで作成する。
3. globusユーザを作成する。
4. globusユーザでGT4をビルドする
# export GLOBUS_LOCATION=/usr/local/globus
# ./configure --prefix=$GLOBUS_LOCATION
# make 2>&1 | tee build.log
# make install
5./etc/bashrcに次のパスを追加する。
export PATH=$PATH:/usr/local/globus/bin/:/usr/local/globus/sbin/
---
GT4 のインストールはmakeがやたらと長いだけで、J2SEの方がやる事は面倒でした。
以下手順。
1. postgresユーザーを作成する。
2. ソース展開用とインストール用のディレクトリをrootで作成する。
# mkdir /usr/local/src/postgresql-8.2.4
# mkdir /usr/local/pgsql
# chown postgres:postgres /usr/local/src/postgresql-8.2.4
# chown postgres:postgres /usr/local/pgsql
3. postgresユーザでtarを解凍してビルドする。
# ./configure --without-readline
# make all
# make install
4. postgresユーザの.bashrcに次のパスと環境変数を追加する。
PATH="$PATH":/usr/local/pgsql/bin
export POSTGRES_HOME=/usr/local/pgsql
export PGLIB=$POSTGRES_HOME/lib
export PGDATA=$POSTGRES_HOME/data
export MANPATH="$MANPATH":$POSTGRES_HOME/man
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH":$PGLIB
5. データベースを初期化する。
# initdb --encoding=EUC-JP --nolocale
6. JDBCドライバを/usr/local/pgsql/share/javaに置き、CLASSPATHに追加する。
---」
!参考資料
*http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B0%E3%83%AA%E3%83%83%E3%83%89%E3%83%BB%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0#Globus.E3.83.84.E3.83.BC.E3.83.AB.E3.82.AD.E3.83.83.E3.83.88
*http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/research/report/2006/1010/002/report20061010002.html
*http://mikilab.doshisha.ac.jp/~hisashi/grid/index.php?FrontPage
*http://www.folgore.jp/pukiwiki/index.php?FOLGORE.JP#hb3d97fc
*http://misshie.jp/blog/cat3/
*http://kiyoeri.la.coocan.jp/newblog/2007/10/post_16.html
!!Rocks
!参考資料
*http://www.venus.dti.ne.jp/~iisaka/Rocks/
!!Sun Grid Engine
!!その他
*http://www.folgore.jp/pukiwiki/index.php?%E3%82%AF%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%82%BF%E6%A7%8B%E7%AF%89
!!AmazonEC2上でのMPIクラスタ構築資料
*http://www.datawrangling.com/on-demand-mpi-cluster-with-python-and-ec2-part-1-of-3
!!メモ
*MPICH 並列プログラム
*Job Management System(JMS) クラスタシステムにおけるジョブ管理
*Beowulf Watchでは，足りないので，ジョブ管理システムを利用する。
*Condor，PBS（Torque）
!!!LinuxCluster上でのR
!!!Torqueの活用
!参考資料
*http://www.folgore.jp/pukiwiki/index.php?Globus%2BPBS%2BNinf-G
*http://www.linet.gr.jp/~juk/batch/index.php?OpenPBS
*http://hep.phys.s.u-tokyo.ac.jp/%7Eakito/pukiwiki/pukiwiki.php?Maui%A4%F2OpenPBS%A4%C8%C1%C8%A4%DF%B9%E7%A4%EF%A4%BB%A4%C6%BB%C8%A4%A6
*http://www.ie.u-ryukyu.ac.jp/howto/index.php?Howto%2FTORQUE
!!!参考資料
*kuroyagi さんのノートブック http://www.google.com/notebook/user/06721969987319576863
*beowulf.org http://www.beowulf.org/overview/index.html
*DCAST http://sourceforge.jp/projects/dcast/
*「グリッド・コンピューティングとR」 http://jasp.ism.ac.jp/meetings/R2007/R_071225_2.pdf